Variables en voie de disparition : leçons de Gamma, Iota et Mu

Début 2021, des scientifiques colombiens ont découvert un nouveau type inquiétant de coronavirus. Cette variante, finalement connue sous le nom de Mu, présentait plusieurs mutations inquiétantes qui, selon les experts, pourraient l’aider à échapper aux défenses du système immunitaire.

Au cours des mois suivants, Mo s’est propagé rapidement en Colombie, Alimenter une nouvelle vague de cas de Covid-19. Fin août, il a été découvert dans des dizaines de pays et l’Organisation mondiale de la santé l’a nommée « Variable d’intérêt ».

Joseph Fofer, épidémiologiste génétique au centre médical de l’Université du Nebraska et auteur de Une étude récente sur la variable.

Puis il a disparu. Aujourd’hui, la variante a complètement disparu.

Pour chaque delta ou omicron, il existe des variables gamma, iota ou mu, des variables qui ont conduit à des explosions locales mais n’ont jamais balayé la domination mondiale. Et bien que la compréhension d’Omicron reste une priorité essentielle de santé publique, il y a des leçons à tirer de ces souches moins nombreuses, disent les experts.

« Ce virus n’a aucune incitation à arrêter l’adaptation et l’évolution », a déclaré Joel Werthem, épidémiologiste moléculaire à l’Université de Californie à San Diego. « Et savoir comment vous l’avez fait dans le passé nous aidera à nous préparer à ce que vous pourriez faire à l’avenir. »

Les études de surveillance mettent également en évidence les lacunes de la surveillance et les erreurs politiques – fournissant plus de preuves que l’interdiction de voyager internationale en Amérique n’a pas été efficace – et sur ce qui fait fonctionner le virus, suggérant qu’au début de la pandémie, la transmissibilité était plus importante que l’immunité. évasion.

La recherche met également en évidence l’importance du contexte ; Les variables qui ont un impact à certains endroits ne s’imposent pas à d’autres. En conséquence, il est difficile de prédire quelles variables deviendront dominantes, et rester au fait des futures variables et agents pathogènes nécessitera une surveillance complète en temps quasi réel.

« Nous pouvons gagner beaucoup en examinant la séquence du génome viral et en disant: » L’un est probablement pire que l’autre «  », a déclaré le Dr Werthem. . »

Le coronavirus est en constante évolution et la plupart des nouvelles variantes passent inaperçues ou sont nommées. Mais d’autres tirent la sonnette d’alarme, soit parce qu’ils deviennent rapidement plus courants, soit parce que leurs génomes semblent inquiétants.

Les deux étaient vrais pour Mo lorsqu’il s’est propagé à Columbia. « Il contenait quelques mutations que les gens surveillaient de près », a déclaré Marie Petron, épidémiologiste génétique à l’Université de Sydney et auteur du nouvel article de Moe. Plusieurs mutations de protéine de pointe ont été documentées dans d’autres variantes immunologiques, y compris bêta et gamma.

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Dans la nouvelle étude, qui n’a pas encore été publiée dans une revue scientifique, les scientifiques ont comparé les propriétés biologiques de Mu avec celles d’Alpha, Beta, Delta, Gamma et du virus d’origine. Ils ont découvert que Mu ne se répliquait pas plus rapidement que toute autre variante, mais qu’il s’agissait de la plus insaisissable sur le plan immunitaire – plus résistante aux anticorps que toute variante connue en dehors d’Omicron.

En analysant les séquences génomiques d’échantillons de Mu collectés dans le monde entier, les chercheurs ont reconstruit la prévalence de la variante. Ils ont conclu que Mu est très probablement apparu en Amérique du Sud au milieu de 2020. Il a ensuite été diffusé pendant plusieurs mois avant d’être découvert.

Il a déclaré que la surveillance génomique dans de nombreuses régions d’Amérique du Sud était « incomplète et incomplète » Jesse Bloom, expert en évolution virale au Fred Hutchinson Cancer Research Center de Seattle. « S’il y avait eu une meilleure surveillance dans ces zones, il aurait peut-être été plus facile d’évaluer rapidement à quel point Mo est préoccupé. »

Mo a également présenté un autre défi. Il se trouve qu’elle avait un type de mutation, connue sous le nom de mutation de décalage de cadre, qui était rare dans les échantillons de coronavirus. Ces mutations ont été signalées comme des erreurs lorsque des scientifiques, dont le Dr Fofer, ont tenté de télécharger leurs séquences Mu sur GISAIDun référentiel international de génomes viraux utilisé pour surveiller de nouvelles variantes.

Cette complication a entraîné un retard dans la participation du public aux séquences Mo. Les chercheurs ont découvert que le délai entre le moment où un échantillon de virus a été prélevé sur un patient et rendu public sur GISAID était toujours plus long pour les cas Mu que pour les cas Delta.

« Le génome lui-même créait essentiellement des lacunes artificielles dans la surveillance », a déclaré le Dr Faufer. « Cela a abouti, du moins selon notre expérience, à ce que nous n’ayons pas les données pendant des semaines alors que nous essayons normalement de les publier en quelques jours. »

(Les chercheurs ont souligné l’importance des systèmes de contrôle de la qualité de GISAID, et le référentiel a résolu le problème.)

Combinez ces lacunes de surveillance avec les évasions immunitaires de Mu, et il semblait que l’alternative était sur le point de décoller. Mais ce n’est pas ce qui s’est passé. Au lieu de cela, les scientifiques ont découvert que Mo s’est propagé de l’Amérique du Sud et de l’Amérique centrale à d’autres continents, mais qu’il ne s’est pas largement propagé une fois qu’il y est arrivé. « C’était une indication que cette variante n’était pas nécessairement aussi appropriée dans les populations nord-américaines et européennes que nous nous y attendions », a déclaré le Dr Petron.

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C’est probablement parce que Mu s’est retrouvé en concurrence avec une variante encore plus impressionnante : delta. Delta n’était pas aussi doué pour échapper aux anticorps que Mu, mais il était plus transmissible. « Donc, finalement, Delta s’est répandu plus largement », a déclaré le Dr Bloom.

L’étude des variantes réussies ne raconte que la moitié de l’histoire. « Les variables qui ne deviennent pas dominantes sont, en quelque sorte, des contrôles négatifs », a déclaré le Dr Petron. « Ils nous disent ce qui n’a pas fonctionné et, ce faisant, aident à combler les lacunes dans les connaissances sur la condition physique variable. »

Delta a surpassé plusieurs variantes immunogènes en plus de Mu, notamment Beta, Gamma et Lambda. Ce schéma suggère que l’évasion immunitaire à elle seule n’était pas suffisante pour permettre à la variante de devenir trop grande pour une version hautement infectieuse du virus – ou du moins ce n’était pas le cas au début de l’épidémie, lorsque peu de personnes étaient immunisées.

Mais les vaccinations et les multiples vagues d’infection ont changé le paysage immunitaire. Les scientifiques ont déclaré que l’alternative hautement insaisissable sur le plan immunitaire devrait désormais avoir plus d’avantages, ce qui est probablement en partie la raison du succès d’Omicron.

Une autre étude récente a suggéré que le gamma d’évasion immunitaire à New York Tendance à faire mieux Dans les quartiers où les niveaux d’immunité préexistante sont plus élevés, dans certains cas parce qu’ils ont été durement touchés lors de la première vague de Covid. « Nous ne pouvons pas voir une nouvelle variable dans le vide, car elle vient dans l’ombre de toutes les variables qui l’ont précédée », a déclaré le Dr Werthem, qui était l’un des auteurs de l’étude.

En effet, le choc des variables dans le passé révèle que le succès dépend largement du contexte. Par exemple, la ville de New York a peut-être été le lieu de naissance de la variante Iota, qui Il a été découvert pour la première fois Dans des échantillons de virus collectés en novembre 2020. « Il a donc pris pied tôt », a déclaré le Dr Petron. Même après l’arrivée de la variante Alpha plus portable, Iota est restée la variante dominante en ville pendant plusieurs mois, avant de finalement disparaître.

Mais dans le Connecticut, où Iota et Alpha ont fait leurs débuts en janvier 2021, les choses se sont passées différemment. « Alpha a décollé immédiatement, IOTA n’avait aucune chance », a déclaré le Dr Petroni, qui a dirigé l’opération. Étudier les variables dans les deux régions.

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Un schéma similaire commence déjà à émerger avec les multiples souches d’Omicron. Aux États-Unis, BA.2.12.1, une variante identifiée pour la première fois à New York, a décolléAlors qu’en Afrique du Sud, BA.4 et BA.5 conduisent un nouveau boom.

C’est une autre raison d’étudier les variantes qui ont diminué, a déclaré Sarah Otto, biologiste de l’évolution à l’Université de la Colombie-Britannique. Une alternative qui n’était pas bien adaptée à un moment et à un lieu particuliers pouvait décoller ailleurs. En fait, c’était probablement le malheur de Mo qu’il se soit présenté si tôt. « Peut-être qu’il n’y avait pas assez de personnes immunisées pour donner un coup de pouce à cette variante », dit le Dr Otto.

Mais la prochaine variante inquiétante pourrait être un descendant, ou quelque chose de similaire, d’une souche d’évasion immunitaire qui ne s’est jamais installée, a-t-elle déclaré.

L’examen des variables précédentes peut donner un aperçu de ce qui a fonctionné – ou n’a pas fonctionné – pour les contenir. La nouvelle étude Gamma fournit une preuve supplémentaire de cette Interdiction de voyager à l’étrangerdu moins tel que mis en œuvre par les États-Unis, est peu susceptible d’empêcher la propagation mondiale de la variante.

Gamma a été reconnu pour la première fois au Brésil fin 2020. En mai de cette année-là, Les États-Unis ont interdit à la plupart des citoyens non américains de voyager dans le pays depuis le Brésil, une restriction qui reste en place Jusqu’en novembre 2021. Cependant, le gamma a été découvert aux États-Unis en janvier 2021 et s’est rapidement répandu dans des dizaines de pays.

Puisque Gamma n’a jamais vraiment dominé le monde, son étude de prévalence donne une image « plus nette » de l’efficacité de l’interdiction de voyager, a déclaré Titiana Vasilyeva, épidémiologiste moléculaire à l’Université de Californie à San Diego et auteur de l’étude. « Quand il s’agit d’étudier des variables comme delta – quelque chose qui provoque des épidémies massives partout – il est parfois très difficile de trouver des modèles, car cela se produit à très grande échelle et très rapidement », a-t-elle déclaré.

Le Dr Faufer a déclaré que dans l’urgence sanitaire mondiale en cours, avec un virus en évolution rapide, il y a une raison compréhensible de se concentrer sur l’avenir. Alors que l’attention du monde se tournait vers Delta puis Omicron, lui et ses collègues ont débattu de l’opportunité de poursuivre leur étude de l’ancienne nouvelle Mu.

Le Dr se souvient. « Mais nous pensons qu’il y a encore de la place pour des études de haute qualité qui posent des questions sur les variables préexistantes préoccupantes et tentent de reconsidérer ce qui s’est passé. »

Jacinthe Poulin

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